L'architettura dell'Honden è definita dal suo iconico stile Nagare-zukuri (flusso), caratterizzato da un tetto curvo asimmetrico che si estende in avanti per proteggere la sacra veranda. Il suo tetto in corteccia di cipresso invecchiata e gli incastri in legno intrecciati dimostrano l'antica maestria giapponese progettata per proteggere la triade interna di santuari senza utilizzare un singolo chiodo.